Фамилия Яфварова — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает со звучанием, но при этом корень ставит исследователя в тупик. Сразу бросается в глаза её нетипичная для русской ономастики структура: основа «Яфвар» и окончание «-ов(а)». Если отбросить фамильный суффикс, указывающий на принадлежность (чей? — Яфваров), остаётся прозвище или имя Яфвар.

Самая вероятная версия — фамилия имеет тюркское или иранское происхождение. В тюркских языках корень «яф» (йаф) может восходить к словам со значением «сторона», «край» или «берег». Вторая часть, «вар», в иранских и тюркских наречиях часто означает «есть», «имеющий» или выступает как суффикс обладания. Таким образом, Яфвар могло быть прозвищем человека, жившего «у края», «на берегу» или «имеющего (свой) край». Впрочем, это лишь реконструкция: в известных словарях тюркских личных имён форма Яфвар не зафиксирована, что говорит либо о её локальном бытовании, либо о сильном искажении исходного слова.

Менее вероятно, но не исключено, что в основе лежит арабское имя Яфур (с вариантом Яфур-хан) или диалектное прозвище, связанное с глаголом «яфва» — в некоторых говорах так называли болтливого или хвастливого человека. Однако для фамилии, оканчивающейся на «-ов», такая семантика маловероятна: прозвища с отрицательной окраской редко становились основой для фамилий у мусульманских народов Поволжья и Кавказа, где такие фамилии встречаются чаще всего.

Географически фамилия Яфварова тяготеет к регионам с тюркским населением — Татарстану, Башкортостану, возможно, к северокавказским республикам. Суффикс «-ов» вместо тюркского «-лы» или «-оглы» указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской канцелярской традиции, скорее всего, в XIX — начале XX века, при записи в метрические книги или ревизские сказки. Носительница фамилии с окончанием «-а» — женщина, что следует из грамматики: Яфварова — это форма женского рода от мужской фамилии Яфваров.

Точных сведений о сословной принадлежности предков нет, но по модели образования (от прозвища, а не от имени святого) можно предположить, что фамилия возникла в крестьянской или мещанской среде, где прозвища были распространены. Если бы предки были дворянами или духовенством, фамилия скорее имела бы форму на «-ский» или была бы образована от географического названия.