Фамилия Яфанов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Яфанов послужило церковное имя Яфан. Фамилия Яфанов восходит к мужскому сербско-македонскому имени Яфан (Иован), которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Яфан, со временем получил фамилию Яфанов. О точном месте и времени возникновения фамилии Яфанов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Яфанов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.