Основой фамилии Яфанов послужило церковное имя Яфан. Фамилия Яфанов восходит к мужскому сербско-македонскому имени Яфан (Иован), которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Яфан, со временем получил фамилию Яфанов.