Фамилия Ягнаков — одна из тех, где происхождение упирается в почти забытое слово, и без диалектной лексики тут не обойтись. В основе лежит прозвище или мирское имя Ягнак, а оно, скорее всего, связано с тюркским корнем «яг» — масло, жир. В татарском, башкирском и казахском языках «ягнак» могло означать «жирный, упитанный» или «маслянистый». Такое прозвище давали либо человеку с плотным телосложением, либо зажиточному крестьянину, у которого «в доме масло водилось», то есть хозяину достатка. В некоторых говорах слово могло относиться к льстецу, «масленому» языку, но это менее вероятно для фамилии, закрепившейся в крестьянской среде.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования: Ягнаков — буквально «сын Ягнака». Фамилия могла возникнуть на территориях активного русско-тюркского контакта: в Поволжье, на Урале или в Сибири, где русские крестьяне и казаки нередко перенимали прозвища от соседей-татар или башкир. Иная, более редкая версия связывает Ягнак с искажённым каноническим именем Евгений (через народную форму Ягней), но это сомнительно: для перехода «Евгений → Ягнак» не хватает промежуточных ступеней, зафиксированных в документах.

Встречается фамилия нечасто. По данным переписей, Ягнаковы рассеяны от Удмуртии до Красноярского края, но нигде не образуют крупных гнёзд. Это типичная «одиночная» фамилия, которая говорит о том, что родоначальник был заметен в своей деревне, но не основал многочисленного клана. Сословно предки, вероятнее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, реже — однодворцами южных уездов. В дворянских родословных книгах Ягнаковы не значатся, что подтверждает их крестьянские или мещанские корни.

Ударение в фамилии плавающее: в разных регионах говорят и Ягнаков, и Ягнаков. Первый вариант ближе к тюркскому ударению на последний слог в исходном слове ягнак, второй — подчиняется русской инерции ставить ударение на корень. Оба имеют право на существование.