Фамилия Яхней — редкий случай, когда мы с высокой вероятностью можем говорить об искусственном, книжном происхождении. В ней нет ни одного из продуктивных славянских суффиксов (-ов, -ин, -ский), которые превращают имя или прозвище в наследную фамилию. Окончание -ей характерно для фамилий, которые в XIX веке давали в духовных училищах и семинариях. Семинаристы нередко получали фамилии, образованные от греческих, латинских или древнееврейских слов, часто — от библейских имен в необычной, переосмысленной форме.

Основа «Яхн-» почти наверняка восходит к краткой форме древнееврейского имени Иоанн (Йоханан, в русской традиции — Иван). В греческом варианте это имя звучало как Иоаннес, а в некоторых диалектах и при произношении на славянский лад могло дать форму «Яхно» или «Яхна». Прибавив к ней суффикс -ей (по аналогии с фамилиями вроде Андрей, Матвей, но в роли фамильного окончания), преподаватели семинарии получали звучную, «ученую» фамилию. Таким образом, Яхней — это, скорее всего, семинарская фамилия, образованная от народной формы имени Иван.

Менее вероятна, но возможна связь с украинским или белорусским прозвищем «Яхно» (от того же имени Иван). В этом случае фамилия могла бы писаться как Яхненко или Яхнов, но форма Яхней указывает на иной, более поздний способ оформления. Географически фамилия встречается преимущественно в западных регионах бывшей Российской империи, что косвенно подтверждает версию о семинарском происхождении: многие выпускники духовных школ из Малороссии и Белоруссии получали такие фамилии.

По сути, человек с фамилией Яхней — потомок либо священника, либо выходца из духовного сословия, чей предок носил имя Иван, но в документах его записали не по-простому, а с намеренной «ученостью». Это фамилия-переделка, и её главная ценность — в том, что она сохранила следы той эпохи, когда фамилию не наследовали из поколения в поколение, а придумывали за партой.