Фамилия Яхнес — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, и ключ к разгадке лежит в финальном элементе «-ес». В русских фамилиях такой суффикс нехарактерен: для них типичны окончания -ов, -ев, -ин или -ский. А вот в фамилиях немецкого, еврейского или прибалтийского происхождения -ес (или -ес) встречается регулярно, чаще всего как вариант передачи немецкого -еs или идишского окончания, обозначающего принадлежность или уменьшительную форму.

Наиболее вероятная версия: Яхнес — это вариант немецкой фамилии Jachnes или Jachniss, которая, в свою очередь, восходит к библейскому имени Йоханан (Иоанн, Иван) через его краткую форму Йохен или Яхен. В таком случае фамилия буквально означает «сын Яхена» или «маленький Яхен». Немецкие фамилии на -es (например, Фридес, Гиршес) часто образовывались от личных имён с добавлением патронимического суффикса, что роднит их с русскими фамилиями на -ович или польскими на -ич.

Менее вероятная, но возможная версия связывает Яхнес с топонимом. В Восточной Пруссии и на территории современной Польши существовали населённые пункты с похожими названиями (например, Jachnów или Jachnitz). В таком случае фамилия могла указывать на выходца из конкретного места, а суффикс -ес служил бы указанием на «человека оттуда». Однако эта гипотеза слабее: для топонимических фамилий в немецком языке чаще использовали окончания -er (Берлинер) или -ski (Варшавский), а не -ес.

В России носители фамилии Яхнес встречаются крайне редко, и это почти всегда потомки переселенцев — либо немцев-колонистов, приглашённых Екатериной II, либо еврейских семей из черты оседлости. В обоих случаях фамилия сохранила исходное написание почти без изменений, что говорит о поздней русификации и о том, что носители не стремились адаптировать её под русские патронимические шаблоны. Ударение, скорее всего, падает на первый слог — Я́хнес, хотя в разговорной речи возможен вариант на второй.

Таким образом, фамилия Яхнес — не русская по корню, а пришлая, с ясной патронимической моделью. Её носители — это потомки людей, которых в документах записывали по имени отца или по прозвищу, производному от Йоханна, и которые принесли эту фамилию в Россию в XVIII–XIX веках.