Фамилия Яхниель — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, не профессия и не географическое название, а личное имя. Причем имя не славянское и даже не греческое, а древнееврейское. Яхниель — это библейское теофорное имя, которое дословно переводится как «Бог да помилует» или «Бог смилостивится» (от корня «ях» — сокращение имени Яхве, и «хен» — милость, благодать). В Ветхом Завете так звали одного из потомков Левия, упомянутого в Первой книге Паралипоменон (1 Пар. 23:19, 24:23).

Фамилия образована напрямую от этого имени без добавления типичных русских суффиксов -ов, -ев или -ин. Это указывает на то, что носители фамилии, скорее всего, не были крестьянами или мещанами в центральной России, где фамилии массово «русифицировали» через патронимические суффиксы. Яхниель — фамилия, которая сохранила исходную библейскую форму. Такое встречается у потомков духовенства (особенно в среде, где чтили ветхозаветные имена) или у еврейских семей, которые при переходе к фамилиям в XIX веке взяли имя предка без изменений.

Географически фамилия крайне редка. В современных базах данных она встречается единично, в основном на юге России и в странах бывшего СССР. Вероятнее всего, это фамилия ашкеназского происхождения, хотя нельзя исключать, что её носителем мог быть и православный священник, получивший такую фамилию в семинарии — в духовных училищах нередко давали фамилии по библейским именам, чтобы подчеркнуть принадлежность к церковной среде.

Таким образом, Яхниель — это фамилия-имя, которая буквально означает «потомок Яхниеля». Она не прошла через типичную для русских фамилий стадию прозвища, а была взята сразу из Священного Писания. Её редкость — не случайность, а следствие того, что имя Яхниель никогда не было распространённым даже в библейском контексте, а фамилия от него — тем более.