Фамилия Яхниенко — яркий пример украинской модели фамилий, образованных с помощью суффикса -енко. Этот суффикс, самый распространённый в украинской ономастике, изначально имел значение «маленький» или «сын» (сравните с современным украинским «малий» — маленький). То есть Яхниенко — это буквально «маленький Яхно» или «сын Яхна».

Разбор фамилии стоит начать с её основы — Яхно. Это древнее славянское имя или прозвище, которое является сокращённой формой от ряда полных имён, начинавшихся на «Я-». Чаще всего его связывают с именем Яков (производные Яхно, Яша, Яня). Однако есть и вторая, не менее правдоподобная версия: основа «Ях-» могла восходить к имени Иоанн (Иван) через народные формы Яхно, Яхна. В некоторых диалектах «яхать» означало кричать, звать, так что не исключён и прозвищный путь образования — от громкого, голосистого человека.

Географически фамилия Яхниенко тяготеет к центральным и восточным регионам Украины, где суффикс -енко бытовал особенно плотно. Встречается она и на юге России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. По сословной принадлежности предки носителя этой фамилии, скорее всего, относились к казацкой старшине или крестьянству — именно в этих средах модель на -енко была основной для обозначения потомства.

Любопытная деталь: в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто «застывали» в документах Московского царства, фамилии на -енко долгое время оставались подвижными. В ревизских сказках (переписях населения) одного и того же человека могли записать и как Яхно, и как Яхниенко, в зависимости от контекста. Окончательное закрепление фамилии в форме Яхниенко произошло уже после отмены крепостного права, когда потребовалась чёткая фиксация родового имени для всех членов семьи.