Фамилия Яхомов — редкая и неочевидная. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать словообразовательную модель и отбросить случайные звуковые совпадения.

Фамилия образована по самой распространённой в русском языке модели: к основе на согласный добавляется суффикс -ов. Это указывает на типично русскую фамилию, возникшую как притяжательное прилагательное («чей?» — Яхомов, то есть сын или потомок Яхома). Ключевой вопрос — что за имя или прозвище Яхом.

Здесь возможны две версии, и обе имеют право на существование. Первая: основа Яхом — это разговорная форма крестильного имени Иоаким (в просторечии Аким, Яким). В русской народной среде имя Иоаким нередко произносили как Яким, а от Яким через чередование «м/х» или под влиянием местных говоров могло возникнуть Яхом. Подобные переходы встречаются в диалектах: например, «Аким» в некоторых регионах звучало как «Охим». Если эта версия верна, то предок носителя фамилии был крещён как Иоаким, а в быту звался Яхом, и фамилия закрепилась за его потомками.

Вторая версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В татарском, башкирском и других тюркских языках «яхшы» (яхши) означает «хороший», «добрый». Прозвище Яхша или Яхшай могло даваться человеку с положительными качествами. При адаптации в русской среде конечное «-ша» могло перейти в «-ха» или «-хом» — так возникла форма Яхом. В пользу этой версии говорит география: фамилия Яхомов встречается в Поволжье и на Урале, где веками жили рядом русские и тюркские народы. Спорные моменты: прямое отождествление «Яхом» и «Яхша» требует допущений в звуковом переходе, но для прозвищной ономастики такие изменения обычны.

Третья, маловероятная гипотеза — связь с еврейским именем Яхин (один из столпов храма Соломона) или с кавказскими корнями. Эти версии не находят подтверждения ни в распространённости фамилии, ни в типичных ареалах её бытования.

Таким образом, наиболее правдоподобно, что Яхомов — это либо русифицированная форма от имени Иоаким (через народное Яким), либо фамилия, возникшая из тюркского прозвища со значением «хороший». В любом случае, это фамилия потомка человека, которого в быту звали необычным для современного уха именем или прозвищем Яхом.