Фамилия Якофиди — редкий случай в русском ономастиконе. Она не славянского, а греческого происхождения, и её разбор требует переключения с привычных суффиксов на патронимическую модель греческого языка.

Основа фамилии — личное имя Якофис (Ιάκωβος, Ιακωβής). Это греческая форма библейского имени Иаков, того самого, что в русской традиции стал Яковом. Окончание -иди (или -ди) — типичный греческий патронимический суффикс, который буквально означает «сын» или «потомок». Таким образом, Якофиди — это «сын Якофиса», то есть потомок человека по имени Яков.

В русскую среду фамилия попала вместе с волнами греческой миграции, в основном в XVIII–XIX веках. Греки селились в Причерноморье (Одесса, Мариуполь, Таганрог), в Крыму и на Кавказе. Многие из них были торговцами, моряками, ремесленниками. Поэтому носитель фамилии Якофиди с высокой вероятностью ведет род от греческого переселенца, который сохранил родовое имя в качестве фамильного знака.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, Якофиди не склоняется по падежам и не меняет окончание в зависимости от пола носителя. Это ещё один маркер её иноязычного происхождения. Встречаются варианты написания: Якофидис (с конечной сигмой, характерной для мужского рода в греческом) или Якофидди (с удвоенной буквой, отражающей произношение), но основная форма — Якофиди — закрепилась в русских документах.