Фамилия Яковиди происходит от имени Яков (каноническая форма – Иаков). В переводе с древнееврейского оно означает «второй по рождению». В XVIII веке начался постоянный приток греческих иммигрантов с покоренных турками греческих территорий — Малой Азии и островов, — во вновь основанные русские города черноморского и азовского побережья. В основном это были купцы и ремесленники, которые в поисках заработка проникали вглубь России. Не исключено, что в их числе был и основатель рода Яковиди.