Фамилия Яков — редкий случай, когда отчество стало фамилией почти без изменений. В основе лежит каноническое имя Яков, древнееврейского происхождения, означающее «держащийся за пятку» или, в переносном смысле, «идущий по следам». В русской традиции это имя было одним из самых распространённых, получив народную форму Яков, которая вытеснила церковнославянское Иаков.

Если бы фамилия образовалась по стандартной модели, она звучала бы как Яковлев. Но Яков — это усечённая форма, где суффикс -ов исчез, а сама фамилия совпала с исходным именем. Такое встречается, но реже, чем привычные патронимы. В некоторых говорах, особенно на севере и в Сибири, фамилии в форме чистого имени без суффикса бытовали как более архаичный тип: Иван, Петр, Василий. Фамилия Яков могла закрепиться в среде, где отчества не переоформлялись, а воспринимались как родовое прозвание.

Другая, менее очевидная версия — связь с прозвищем Яков. В диалектах слово «яков» могло означать «упрямый человек» или «простак». Если имя давали не в честь святого, а как бытовую характеристику, то фамилия могла возникнуть из такого прозвища. Но эта гипотеза слабее: имя Яков было настолько массовым, что объяснять его прозвищем излишне.

Географически фамилия Яков распространена неравномерно. Она чаще встречается в южнорусских областях и в Беларуси, где усечённые формы фамилий (без суффикса) более типичны для крестьянской среды. В центральной России преобладает Яковлев, а Яков остаётся более редким вариантом.

Из-за совпадения с именем фамилия Яков звучит двусмысленно. В документах XIX века носителя могли записать просто по имени, и только контекст показывал, что это родовая фамилия. Это создавало путаницу при переписях, и многие Яковы впоследствии «достраивали» фамилию до Яковлева, чтобы избежать неоднозначности.