Мужское крестильное имя Иаков в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». В основу же фамилии Яковенко легла его славянская форма — Яков. Двенадцать сыновей Иакова от двух жён (Лии и Рахили) и двух наложниц (Зелфы и Баллы) стали родоначальниками двенадцати колен (племён). Поэтому Яковенко буквально понималось как «сын Якова». Кроме того, не исключено, что некоторые представители фамилии Яковенко имеют дворянские корни. Так, известно, что из дворян Полтавской губернии происходил литератор Валентин Иванович Яковенко (1859—1915), сын майора, бельского воинского начальника, мелкого помещика. Среди известных представителей фамилии — Леонтий Игнатьевич Яковенко (1909—1991), участник Советско-финской и Великой Отечественной войн, генерал-майор авиации, Герой Советского Союза; Игорь Григорьевич Яковенко (р. 1945), культуролог, философ, правозащитник; Павел Александрович Яковенко (р. 1964), знаменитый советский и украинский футболист, полузащитник киевского «Динамо».