Фамилия Якокутова — редкий случай, когда географическая привязка оказывается важнее, чем прозрачная этимология. Сразу бросается в глаза её суффикс: не привычное -ов/-ев или -ин, а -утов. Такая модель в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на прозвище или имя, образованное с помощью уменьшительного или пренебрежительного суффикса -ута (как в фамилиях Хохутов, Косоутов). Основа «Якок-» заставляет задуматься: это может быть искажённое тюркское или кавказское имя, либо народная переделка канонического имени Иаков (Яков).

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с крещёными татарами или народами Поволжья. В тюркских языках есть корень «як» — «сторона», «берег», или «якшы» — «хороший». Однако суффикс -утов скорее говорит о том, что прозвище Якокут (или Якокутка) дали человеку с заметной чертой: например, крикливому, «якающему» (от «якать» — громко говорить) или, наоборот, молчаливому, но с намёком на что-то «якутское». Вторая версия — от имени Яков, где «Якок» — это диалектное произношение (ср. Якок — Яков в некоторых говорах), а суффикс -ут добавляет оттенок: «Якокут» — «маленький Яков» или «сын Якова». Но это менее вероятно, так как от имени Яков в русской традиции образованы фамилии Яковлев, Якушев, Якунин, а не Якокутов.

География фамилии подсказывает: Якокутовы встречаются в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. Это регионы, где веками жили рядом русские, татары, башкиры и чуваши. Скорее всего, предок носителя фамилии был крещёным татарином или чувашом, получившим прозвище Якокут — возможно, от тюркского «як» (сторона) с уменьшительным суффиксом: «живущий на той стороне» или «пришлый». Другой вариант — от глагола «якык» (близкий) в значении «близкий человек», «свой». Фамилия не дворянская и не купеческая: она возникла в крестьянской или мещанской среде, где прозвища цеплялись к людям по месту жительства или поведению.

Однокоренных фамилий в русском языке почти нет, что делает Якокутову уникальной. Если и есть Якокутовы, то их немного, и все они, скорее всего, родственники. Споров об этимологии немного: тюркская версия объясняет и корень, и суффикс, и ареал, тогда как славянская требует натяжек. Поэтому основная гипотеза — фамилия от прозвища, данного в среде поволжских татар или чувашей, которое потом русифицировали при помощи суффикса -ов.