Фамилия Якоркин образована от прозвища или нецерковного имени Якорь. В русской ономастике это редкий случай, когда в основе лежит название морского предмета. Прямого отношения к морю предок мог и не иметь: прозвище Якорь давали человеку устойчивому, надёжному, «тяжёлому на подъём» или, наоборот, тому, кто часто менял место жительства — «бросал якорь» то тут, то там. В словаре В. Даля зафиксировано и переносное значение: «якорем» в некоторых говорах называли упрямца или медлительного человека.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Якоркин буквально значит «сын Якоря» или «из семьи Якоря». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены. В южных регионах чаще встречалась бы форма Якоренко, у украинцев — Якоренко, у белорусов — Якоркевич.

Интересно, что фамилия Якоркин — довольно редкая. В XIX веке она фиксировалась преимущественно в Вятской и Пермской губерниях, а также среди старообрядцев Приуралья. Это позволяет предположить, что предки носителей фамилии могли быть не только крестьянами, но и мастеровыми на уральских заводах: прозвище Якорь мог получить кузнец, ковавший якоря, или плотник, строивший речные суда.

Встречаются и варианты написания — Якорькин (с мягким знаком). В дореволюционных метрических книгах можно найти обе формы, так как фамилия ещё не устоялась. Современное окончание -кин закрепилось под влиянием стандартной литературной нормы.

Однокоренные фамилии — Якорёв, Якоренко, Якорский — встречаются ещё реже. Все они восходят к тому же корню, но различаются по географии и способу образования. Якоркин — самый «русский» вариант по суффиксу, что косвенно подтверждает его северное или уральское происхождение.