Фамилия Яковушина — женская форма фамилии Яковушин, и её происхождение напрямую связано с моделью, которая встречается реже, чем привычные Яковлев или Яковенко. В основе лежит имя Яков, но не прямое, а через уменьшительно-ласкательный или обиходный вариант Яковуша. Такая форма имени была распространена в северных и центральных говорах, где суффикс -уш- придавал имени оттенок принадлежности к семье или простоте общения: Яковуша — «маленький Яков», «Яков, свой в доме».

Ключевая особенность здесь — суффикс -ин, а не -ов. Если фамилии на -ов образуются от основ, оканчивающихся на согласный (Яковлев — от Яков), то -ин присоединяется к основам на -а, -я. Яковуша даёт Яковушин, то есть «сын Яковуши». Такая модель типична для прозвищных и обиходных имён, и она была особенно характерна для крестьянского и посадского населения, где отчества и фамилии часто фиксировали не полное крестильное имя, а его бытовую форму.

Исторически фамилия Яковушин (и Яковушина) могла закрепиться в тех регионах, где имя Яков было особенно популярно, а суффикс -уш- — обычным способом образования внутрисемейных прозвищ. Поскольку Яков — одно из самых распространённых библейских имён на Руси, однокоренных фамилий много: Яковлев, Яковенко, Яковчук, Якушев. Но Яковушин стоит особняком — его носители, скорее всего, происходят из мест, где говорили именно «Яковуша», а не «Яковка» или «Яша». Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном, гнездовом характере: она могла возникнуть в одной или нескольких соседних деревнях и не распространиться широко.

Если говорить о социальном контексте, фамилии на -ин в целом чаще принадлежали крестьянскому сословию, чем дворянскому. Яковушины не фиксируются в родословных книгах знатных родов, что подтверждает их происхождение из среды свободных крестьян или посадских людей, где фамилии складывались из отчеств и прозвищ естественным путём, без канцелярской унификации.