Фамилия Якпунова — женская форма фамилии Якпунов, и её происхождение связано с редкой моделью образования, которая сразу выбивается из привычного ряда. В русской ономастике типичны суффиксы -ов/-ев, -ин или -ский. Здесь же мы видим суффикс -ун, который в фамилиях встречается нечасто, но в говорах и прозвищах был жив.

Основа фамилии — «Якпун». Сразу бросается в глаза, что это не каноническое русское имя и не очевидное прозвище. Скорее всего, перед нами диалектное или искажённое слово. Самая правдоподобная версия связывает «Якпун» с личным именем Яков. В народной речи имя Яков сокращали до Як, Яша, Якуня. Форма «Якпун» могла возникнуть как сложное прозвище: от «Як» (Яков) и диалектного «пун» — так в некоторых северных и сибирских говорах называли толстяка, увальня или просто полного человека. То есть Якпун — это «толстый Яков» или «Яков-увалень». Суффикс -ун в русских прозвищах часто указывал на носителя яркого признака (говорун, ворчун, бегун), так что прозвище Якпун могло закрепиться за человеком с заметной внешностью или характером.

Есть и более экзотическая версия, которую стоит упомянуть, но без натяжек. В тюркских языках есть корень «як» — «сторона», «бок», и «пун» — «весь», «целый». Но для русской фамилии, особенно с суффиксом -ов, это маловероятно: тюркские основы обычно дают фамилии без такого суффикса или с другим оформлением. Кроме того, фамилия Якпунов не встречается в списках дворянских родов и не привязана к крупным историческим центрам — её носители, скорее всего, происходили из крестьян или мещан северных и поволжских губерний, где диалектная речь была особенно богата на необычные прозвища.

Географически фамилия редкая. В современных базах данных она фиксируется в единичных случаях, преимущественно в центральной России и Поволжье. Это говорит о том, что род был немногочисленным и не разветвлённым. Если ваши предки носили фамилию Якпунова, ищите корни в тех местах, где имя Яков было особенно популярно, а местные говоры сохраняли слово «пун» в значении «толстяк» или «медлительный человек».