Фамилия Якунова образована от прозвища Якун. В архангельских говорах широко распространен был глагол "якунить", т.е. "ходить на промысел по зверя, полевать, охотиться". Так могли прозвать охотника. Согласно другой версии, прозвище Якун может быть связано с аналогичным нарицательным. Даль говорит, что так называли американскую долгохвостую курицу. Это крупная птица с белым хохолком на голове. Вероятно, так могли прозвать человека с подобными внешними признаками или того, кто разводил эту разновидность домашней птицы. Среди однофамильцев известен Виктор Якунов - бывший заместитель Главнокомандующего Внутренними войсками МВД РФ по авиации, генерал-лейтенант авиации. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Якун, со временем получил фамилию Якунова.