Фамилия Якунин образована от прозвища Якунник. В архангельских говорах широко распространен был глагол «якунить», т.е. «ходить на промысел по зверя, полевать, охотиться». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Якунник, со временем получил фамилию Якунин.