Фамилия Якуненко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Якуня. Имя Якуня является уменьшительной формой мужского крестильного имени Иаков, которое в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». Также возможно, что фамилия Якуненко образована не от имени, а от прозвища Якуня. Поэтому Якуненко буквально понималось как «сын Якуни».