Основой фамилии Якунины послужило церковное имя Якуня. Имя Якуня является уменьшительной формой мужского крестильного имени Иаков, которое в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». Также возможно, что фамилия Якунины образована не от имени, а от прозвища Якуня. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якуня, со временем получил фамилию Якунины.