Фамилия Якунина образована от прозвища Якунник. В архангельских говорах широко распространен был глагол «якунить», т.е. «ходить на промысел по зверя, полевать, охотиться». Известен русский дворянский род Якуниных, восходящий к середине XVI века и записанный в VI часть родословной книги Тульской губернии. Существует еще несколько дворянских родов Якуниных более позднего происхождения. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Якунник, со временем получил фамилию Якунина.