Основой фамилии Якунинская послужило церковное имя Якуня. Имя Якуня является уменьшительной формой мужского крестильного имени Иаков, которое в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». Также возможно, что фамилия Якунинская образована не от имени, а от прозвища Якуня. Фамилия Якунинский представляет собой отчество второго порядка: Якунинский — сын Якунина и внук Якуни. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якуня, со временем получил фамилию Якунинская.