Фамилия Якуничев образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Якуничев образована от прозвища Якуня. В архангельских говорах широко распространен был глагол «якунить», т.е. «ходить на промысел по зверя, полевать, охотиться». Согласно другой версии, прозвище Якуня может быть связано с нарицательным «якун» - «американская долгохвостая курица». Это крупная птица с белым хохолком на голове. Вероятно, так могли прозвать человека с подобными внешними признаками или того, кто разводил эту разновидность домашней птицы. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Якуня, со временем получил фамилию Якуничев. О точном месте и времени возникновения фамилии Якуничев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Якуничев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.