Фамилия Якуничева образована от прозвища Якуня. В архангельских говорах широко распространен был глагол «якунить», т.е. «ходить на промысел по зверя, полевать, охотиться». Согласно другой версии, прозвище Якуня может быть связано с нарицательным «якун» - «американская долгохвостая курица». Это крупная птица с белым хохолком на голове. Вероятно, так могли прозвать человека с подобными внешними признаками или того, кто разводил эту разновидность домашней птицы. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Якуня, со временем получил фамилию Якуничева.