Фамилия Яксин — редкий случай, когда суффикс -ин указывает не на отчество от крестильного имени, а на прозвище, связанное с этнонимом или географическим названием. Основа «Якс-» восходит к старому русскому названию венгров — «ясы» или «язиги». В древнерусских летописях и документах так называли представителей одного из кочевых народов, осевших на южных рубежах Руси. Соответственно, Яксин — это «сын яса» или «потомок того, кого прозвали Яксом», то есть венгром или выходцем из венгерских земель.

Словообразовательная модель проста: корень «Якс-» плюс патронимический суффикс -ин, образующий фамилии от прозвищ и названий народов (сравните: Татарин — Татаринов, Немец — Немцов, Грек — Греков). В данном случае исходная форма — прозвище Якс, которое в бытовой речи могло закрепиться за человеком, имевшим венгерские корни, торговавшим с венграми или носившим одежду, напоминавшую венгерскую.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям. В переписных книгах XVII века встречаются упоминания служилых людей по фамилии Яксины на территории нынешних Тамбовской и Воронежской областей — там, где проходила линия обороны от кочевников и где оседали выходцы с венгерских земель. Встречается также вариант Якшин, но это уже другая фамилия с основой от имени Яков.

Менее правдоподобная, но возможная версия связывает Яксин с тюркским корнем «якши» — «хороший». Однако эта гипотеза слабая: в русской ономастике фамилии на -ин от тюркских прилагательных почти не образовывались, а если бы и возникли, то скорее дали бы форму Якшин или Якшеев. Поэтому версия с этнонимом «яс» надёжнее и подтверждается исторической документацией.