Фамилия Яксина — женская форма фамилии Яксин. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, и указывают на принадлежность: «чей?» — «Яксин», то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Якса.

Самая вероятная основа — прозвище Якса. В русских говорах, особенно северных и сибирских, «якса» или «якша» означало «приятель», «друг», «товарищ». Слово происходит из финно-угорских языков (например, коми «як» — «друг») и было заимствовано в русские диалекты. Таким образом, Яксой могли прозвать общительного, дружелюбного человека, а его дети становились Яксиными.

Менее распространённая версия связывает фамилию с татарским мужским именем Якса (или Якши), которое означает «хороший», «добрый». В этом случае фамилия имеет тюркские корни и могла возникнуть в среде крещёных татар или в районах русско-татарского пограничья.

Фамилия Яксин встречается редко. Основные очаги — Поволжье (особенно Нижегородская область и Марий Эл) и Урал. Это указывает на то, что прозвище Якса бытовало именно в зоне контакта русского населения с финно-угорскими и тюркскими народами.

География фамилии подсказывает и социальный контекст: носители фамилии Яксины в XIX веке чаще всего были государственными крестьянами или мещанами, то есть людьми свободного, но податного сословия. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

В написании фамилии возможна путаница с похожей фамилией Якшина (от имени Якши), но в Яксиной ударение обычно падает на первый слог: Я́ксина.