Фамилия Яксуткин — редкий случай, когда основа прозрачна, а суффикс сбивает с толку. На первый взгляд, перед нами типичная фамилия на -ин, образованная от существительного с конечным -а. Но в русской антропонимии суффикс -ин чаще всего присоединяется к основам на -а/-я (Петя — Петин, рыба — Рыбин). Здесь же основа «Яксутк» — и это не усечение, а полная форма прозвища.

Ключ к разгадке — слово «яксутка». В говорах северных и сибирских областей (особенно в вятских и пермских) «яксутка» — диалектное название пестрой, неодноцветной курицы или утки, от тюркского «якши» (хороший, красивый) через коми-пермяцкое посредство. Птица с ярким, пестрым оперением. Прозвище Яксутка давали либо человеку с пёстрой, рябой внешностью (веснушки, пегая борода), либо, в переносном смысле, — суетливому, пёстро одетому, заметному. Суффикс -к- в прозвище — уменьшительно-пренебрежительный, как в «Митька» или «Ванька». А фамилия Яксуткин — это ответ на вопрос «чей?»: сын или потомок Яксутки.

Вторая, менее вероятная версия, связывает основу с древним личным именем Якшут, которое встречается в документах XVI–XVII веков (например, Якшут Клементьев, крестьянин). Имя могло быть производным от тюркского «якши» (хороший) с добавлением русского суффикса -ут, характерного для старорусских имен (как Терюта, Малютка). Тогда Яксуткин — отчество от имени Якшут через промежуточную форму Яксутка.

Географически фамилия привязана к северо-востоку Европейской России: Вятка, Пермь, отчасти Кострома. В переписях XVIII–XIX веков Яксуткины — преимущественно государственные крестьяне, реже — однодворцы. Сословной элиты среди них не было: фамилия осталась в крестьянской среде, не перейдя в дворянские гербовники.

Что примечательно: при всей редкости фамилия имеет «двойника» — Якшутин, с другим суффиксом, но от той же корневой основы. Яксуткин — более архаичная форма, сохранившая живую диалектную черту.