Фамилия Якуткин — наглядный пример того, как уменьшительное имя превратилось в родовое прозвание. Её основа — имя Якутка, которое в старину было народной, обиходной формой от крестильного имени Иаков (в русском обиходе — Яков). Суффикс -к- здесь не просто уменьшительный, а скорее бытовой, ласкательный: так в семье или в деревне могли звать Якова, особенно молодого или невысокого ростом. Модель образования проста: к основе Якут- добавили фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Якуткин, то есть сын или потомок Якутки.

Слово «якутка» может сбить с толку: оно совпадает с названием жительницы Якутии. Однако для русских фамилий связь с этнонимом «якут» маловероятна. Во-первых, фамилии от названий народов образовывались иначе (Татаринов, Калмыков) и обычно не имели уменьшительного суффикла -к-. Во-вторых, в центральных и южных губерниях России, где фамилия Якуткин встречается чаще всего, контакты с якутами были минимальны. Поэтому версия с именем Яков — единственная убедительная.

Интересна география фамилии. Якуткины исторически концентрировались в Пензенской, Тамбовской и Рязанской областях. Это зона позднего закрепощения крестьян, где фамилии фиксировались в основном в XVIII–XIX веках. Для этих мест характерны фамилии на -ин от имён с уменьшительными суффиксами: Якуткин стоит в одном ряду с Васькиным, Петькиным, Мишкиным. Предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или однодворцами — людьми, которые в документах записывались по отцу или по домашнему прозвищу, а не по сословному титулу.

В написании фамилии нет вариантов: ударение падает на второй слог (Яку́ткин), и она не склоняется по-особому. Встречается редко, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, все Якуткины — потомки одного человека по имени Якутка, жившего в одном из сёл чернозёмной полосы.