Фамилия Яхуткин — одна из тех, где на первый взгляд всё прозрачно, но при ближайшем рассмотрении начинаются вопросы. Основа «Яхутк-» и суффикс «-ин» указывают на стандартную русскую модель: от личного имени или прозвища, оканчивающегося на -а/-я, образовывали фамилию с помощью «-ин». Значит, в основе лежало имя или прозвище Яхутка.

Вот тут и главная загадка. Что такое «Яхутка»? Самая прямая версия — вариант имени Яков. В народной речи имя Яков могло звучать как Якут, Якутка, а с чередованием «к/х» (типичным для диалектов) — Яхутка. Сравните: Аким — Ахим. Тогда Яхуткин — это «потомок Яхутки», то есть Якова. Версия логичная и распространённая для фамилий на -ин.

Но есть и другой, более редкий поворот. В тюркских языках слово «яхут» (или «якут») означает рубин, драгоценный камень. Это слово попало и в русские говоры, особенно южные и восточные, где могло стать прозвищем для торговца самоцветами, ювелира или просто человека, которого ценили как «драгоценность». Прозвище Яхутка в таком случае — уменьшительное от «яхут». И фамилия Яхуткин могла возникнуть в среде, где русские соседствовали с тюркскими народами. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Яхуткин встречается не только в центральной России, но и в Поволжье, на Урале, где такое смешение культур — обычное дело.

Спор между версиями «от Якова» и «от рубина» решается только географией конкретной семьи. Если предки жили в чисто русском регионе, скорее всего, это вариант имени Яков. Если фамилия бытует в полиэтничной зоне, где были сильны тюркские влияния, версия с «драгоценным камнем» становится не менее правдоподобной. Суффикс «-ин» в обоих случаях работает одинаково: обозначает принадлежность, родство — «чей?» — «Яхуткин сын», «человек из рода Яхутки».

Сама фамилия довольно редкая. В дореволюционных списках она почти не встречается, что говорит о её позднем закреплении или о том, что носители были выходцами из непривилегированных сословий — крестьян или мещан, чьи фамилии не всегда попадали в официальные реестры. Сейчас Яхуткины живут разрозненно, без очевидного кластера, что подтверждает: фамилия возникла в разных местах независимо, от разных прозвищ, но по одной и той же словообразовательной модели.