Фамилия Яхутин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Для начала посмотрим на суффикс: -ин указывает на принадлежность, то есть фамилия образована от прозвища или имени, оканчивающегося на -а или -я. Основа — «Яхут». Здесь и начинается главная загадка.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «яхут» или «яхута». В некоторых южнорусских и украинских говорах так называли задиристого, вздорного или крикливого человека. Слово могло звучать как «яхута» — отсюда и суффикс -ин, который закрепился при русификации фамилии. В этом случае предок Яхутин получил прозвище за характер: его могли прозвать Яхутой, а потомки стали Яхутиными.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — связь с тюркским корнем. В некоторых тюркских языках «яхут» означает «драгоценный камень» или «сокровище» (ср. арабское «якут» — рубин, сапфир). Если носитель фамилии был выходцем из татарской или башкирской среды, прозвище Яхут могло означать «драгоценный», «ценный». Однако против этой версии говорит то, что в русских документах фамилия Яхутин встречается в основном в центральных и южных губерниях, а не в регионах с сильным тюркским влиянием.

Третья, совсем редкая гипотеза — от имени Яхут как краткой формы от канонического имени Иаков (в народной форме Яков). Подобные сокращения встречались: Якут, Яхно, Яша. Но здесь нет прямых доказательств, и звуковой переход «Яков → Яхут» нехарактерен для русской антропонимии.

Географически Яхутины чаще всего фиксировались в Курской, Воронежской и Тамбовской губерниях — то есть в зоне, где были сильны южнорусские говоры с их специфической лексикой. Это косвенно подтверждает версию о прозвищном происхождении от «яхута».

Таким образом, скорее всего, фамилия Яхутин — прозвищная, и предок носителя был человеком с непростым, вздорным нравом, за что и получил соответствующее прозвище. Фамилия редкая, в списках массовых (вроде Иванов, Кузнецов) не встречается, что делает её ценной для семейной истории — носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных родов.