Фамилия Яхутлев — редкий пример, где тюркское происхождение почти не вызывает споров, а вот внутренняя форма слова заставляет задуматься. В основе лежит личное имя или прозвище Яхутл (Яхутлы). Суффикс -ев указывает на патронимическую модель: Яхутлев буквально означает «сын Яхутла». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от иноязычных основ, особенно в среде поволжских татар, башкир или народов Кавказа, где фамилии на -ев часто закреплялись при переходе в православие или при документальном оформлении в XIX веке.

Сам корень «яхут» — арабского происхождения (ياقوت, якут), означающий «рубин», «яхонт». В тюркских языках это слово закрепилось как личное имя Яхут (или Якут), а форма Яхутлы могла означать «обладающий яхонтом», «драгоценный», «красивый как рубин». Встречается вариант написания Яхутлов, что подтверждает ту же основу, но с другим суффиксальным оформлением (на -ов). Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским субстратом: Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье, а также встречается среди кумыков и ногайцев.

Сложность в том, что в русских говорах слово «яхут» не встречается, поэтому версия о прозвище из диалекта маловероятна. Зато в ономастике известен принцип «калькирования»: татарин или башкир по имени Яхут получал русскую фамилию Яхутлев — через добавление патронимического суффикса к имени отца. Именно так, по мнению исследователей тюркских фамилий (в частности, по материалам словаря Б. Унбегауна), и возникали подобные образования: имя → имя с притяжательным аффиксом -лы/-ле → русский суффикс -ев.

Таким образом, предки носителей фамилии Яхутлев — скорее всего, выходцы из тюркоязычной среды, принявшие православие или записанные в метрики под русифицированной формой. Основа имени — «яхут» — указывает на то, что родоначальника могли назвать в честь драгоценного камня, что было распространено в восточных культурах как пожелание ценности и красоты.