Фамилия Яхутина — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от множества фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), эта явно восходит к прозвищу или мирскому имени.

Ключ к разгадке — основа «Яхут». Скорее всего, это искажённая или диалектная форма слова «яхонт» — старинного названия драгоценного камня (рубина или сапфира). В русских говорах «яхут» или «яхонт» могло стать прозвищем человека, которого ценили как «драгоценность», либо того, кто торговал или обрабатывал самоцветы. Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с тюркскими корнями, где «яхут» (yakut) означает «рубин» или попросту «драгоценность». В этом случае прозвище могло пристать к человеку восточного происхождения или купцу, торговавшему с Востоком.

Модель образования фамилии классическая: суффикс -ин указывает на принадлежность. Яхутин — это «сын Яхуты» или «человек из семьи Яхуты». Такой суффикс характерен для фамилий, образованных от основ на -а/-я (как Пушкин, Ильин). То есть сначала было прозвище Яхута (человек, которого называли яхонтом), а затем его дети стали Яхутиными.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где сохранялось окающее произношение и старые названия камней. Встречается она и в Поволжье, что может указывать на смешение с тюркскими языками. Известных исторических деятелей с этой фамилией нет, что говорит о её преимущественно крестьянском или мещанском происхождении — предки были простыми людьми, получившими фамилию по прозвищу, а не по знатному роду.

Таким образом, фамилия Яхутина — это окаменевшее прозвище, связанное с драгоценным камнем. Носитель этой фамилии, скорее всего, потомок человека, которого в деревне или в купеческой среде прозвали Яхутой за красоту, ценность характера или род занятий.