Фамилия Яхатина — редкий случай, когда корень сложно объяснить одним способом. С точки зрения словообразования это типичная «материнская» фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть исходно Яхатина — «дочь (или жена) Яхаты». Но кто или что такое «Яхата»? Здесь начинается самое интересное.

Наиболее вероятная версия связывает основу с тюркскими языками. В татарском, башкирском, казахском слово «яхшы» означает «хороший», «добрый», «отличный». В разговорной речи и в диалектах это слово могло превратиться в «яха» или «яхат», а затем — в прозвище Яхата: так могли назвать человека с положительными качествами, удачливого или просто добродушного. В пользу этой гипотезы говорит и география: фамилия встречается в Поволжье и на Урале, в регионах с давним тюркским населением.

Менее распространённая версия — от русского диалектного глагола «яхать» (в некоторых говорах — «кричать», «шуметь»). Тогда Яхата — прозвище шумного, громкоголосого человека. Однако эта гипотеза слабее: глагол редкий, а фамилия с таким корнем почти не фиксируется в центральных русских областях, где такие говоры были бы уместны.

Третья, совсем спорная попытка — возвести Яхатина к крестильному имени Иоаким (в просторечии Яким). Через форму Яха — Яхата, но это натяжка: обычно от Иоакима образуются фамилии Якимов, Якименко, Екимов, а не Яхатин.

Суффикс -ин, а не -ов, тоже даёт подсказку: такие фамилии чаще возникали в северных и восточных регионах России, где «материнская» модель была распространена шире. Поэтому Яхатина — скорее всего, фамилия из татаро-башкирской языковой среды, адаптированная русским окончанием. Носители фамилии, вероятно, происходят из крещёных татар или башкир, либо из русских, долго живших в смешанном с тюрками регионе.