Фамилия Яматина звучит необычно для русского уха, но её происхождение вполне прозрачно и укладывается в несколько версий. Самая вероятная основа — прозвище или мирское имя Ямата. В древнерусском языке слово «ямата» могло означать человека, живущего у ямы, оврага или низины, либо того, кто копает ямы — землекопа. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Яматы. Такая модель образования — от прозвищ на -а/-я — типична для северных и центральных областей России, где фамилии нередко фиксировали географическое положение или род занятий предка.

Менее распространённая, но возможная версия связывает основу с диалектным словом «ямать» — говорить невнятно, мямлить. В таком случае прозвище Ямата дали человеку с неразборчивой речью. В пользу этой гипотезы говорит то, что в русских говорах зафиксированы схожие прозвища: Мямля, Шамка, Бормотун — все они образовывали фамилии по той же модели.

Третий вариант — связь с тюркским корнем «ямат» (плохой, дурной). В зонах русско-татарского пограничья (например, в бывшем Касимовском ханстве или на южных рубежах) прозвище Ямата могло закрепиться за человеком с недобрым нравом. Однако эта версия менее вероятна: фамилия Яматина не встречается в массовых списках татарских родов, а её ареал — преимущественно русские регионы.

Примечательно, что фамилия сохранила архаичное ударение на второй слог: Яма́тина, а не Я́матина. В современном русском языке такое ударение встречается редко, что указывает на старую, возможно, допетровскую фиксацию фамилии. Встречается она преимущественно в Вологодской, Костромской и Кировской областях — регионах, где хорошо сохранились древние прозвищные фамилии на -ин.

Сословная принадлежность носителей фамилии неоднородна: в XIX веке Яматины числились и среди государственных крестьян, и в купеческих гильдиях небольших уездных городов. Известных исторических личностей с этой фамилией нет, что типично для фамилии, не попавшей в дворянские родословные книги.