Фамилия Ягутина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве базовой для всей семьи, хотя по происхождению это типичная «матчественная» фамилия. Она образована от женского имени или прозвища Ягута (Ягутка) с помощью притяжательного суффикса -ин, который отвечает на вопрос «чей?»: Ягутина — дочь или жена Ягуты.

Самая вероятная основа — диалектное слово «ягутка», которое в псковских и тверских говорах означало «ягода» (обычно лесная, мелкая). Прозвище Ягута могли дать маленькому, юркому человеку или тому, кто промышлял сбором ягод. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия распространена именно в северо-западных областях России — в Псковской, Новгородской, Тверской.

Менее убедительна связь с тюркским корнем «ягут» (драгоценный камень, рубин). Для фамилий центральной России тюркские заимствования в такой форме нетипичны, а псковские говоры сохранили именно славянское «ягутка». Версия о происхождении от имени Ягода (уменьшительное Ягутка) выглядит естественнее: на Руси были распространены «растительные» имена-обереги, и Ягода — одно из них.

Фамилия Ягутина недворянская и нестарая: она оформилась в крестьянской среде, скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда в метрических книгах стали записывать женщин по отцу как «Ягутина». Встречается она редко, и её носители — почти всегда выходцы из северо-западных губерний, что подтверждает связь с местным диалектом.