Фамилия Ягутко — пример редкой восточнославянской модели, где к основе прозвища прирос украинский или белорусский суффикс -ко. Этот суффикс в XVI–XVII веках активно использовался для образования фамилий в юго-западных землях Речи Посполитой, особенно на Волыни, Подолье и в Галиции. Носитель фамилии с таким окончанием — скорее всего, потомок человека из этих регионов, чье прозвище или мирское имя записали по польской или малороссийской традиции.

Основа «Ягут» неоднозначна и порождает две главные версии. Первая ведет к тюркскому корню: в языках крымских татар, ногайцев или турок «ягут» (yagut) означает «рубин», «драгоценный камень». Через посредство османской или татарской лексики слово могло попасть в украинские говоры как прозвище — так могли назвать человека с яркой внешностью, богатым нарядом или того, кто торговал камнями. Вторая версия связывает фамилию с личным именем Ягута — уменьшительной формой от канонического Яков (через народные варианты Якуб, Ягуб). В этом случае Ягутко буквально значит «маленький Яков» или «сын Ягуты».

Сложность в том, что обе гипотезы не имеют массового подтверждения в письменных источниках. Фамилия крайне редкая и не фиксируется в крупных дореволюционных справочниках (например, в «Ономастиконе» Веселовского или в словаре Тупикова). Это говорит о том, что род был локальным, возможно, крестьянским или мещанским, и не попал в реестры шляхты и казацкой старшины. Сравнение с однокоренными фамилиями — Ягупов, Ягутов, Ягудин — показывает, что в России преобладает форма с суффиксом -ов, а вариант на -ко остался на западе исторической Малороссии.

Сегодня Ягутко встречается спорадически в Украине, Беларуси и в южных областях России, куда могла мигрировать одна ветвь в ходе переселений XIX–XX веков. За пределами бывшего СССР фамилия практически не известна.