Фамилия Ягуткин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Ягуткин образована от прозвища Ягутка. Оно ведет свое начало от диалектного нарицательного «ягутки», которое в новгородских говорах означало «бурлаки, для тяги судна бичевой». Согласно другой гипотезе, фамилия Ягуткин восходит к топониму Ягутка — поселок в Ярославской области России. Можно предположить, что предок Ягуткиных был уроженцем или жителем этого населенного пункта. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ягутка, со временем получил фамилию Ягуткин. О точном месте и времени возникновения фамилии Ягуткин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Ягуткин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.