Фамилия Яруткины — нечастая, но с прозрачной внутренней формой. Её основа — слово «ярутка». В диалектах так называли крутой обрывистый берег, овраг, промоину (от «яр» — обрыв). Человек, живший у такого обрыва или на краю оврага, получал прозвище Ярутка. Второе, менее очевидное значение — растение ярутка (полевая трава), но в прозвищах географический признак встречается чаще, чем ботанический.

По модели образования это типичная фамилия на -ин, указывающая на принадлежность к роду: Ярутка → сын Ярутки → Яруткин. Форма множественного числа «Яруткины» закрепилась в документах, когда речь шла о целой семье или роде, и впоследствии стала фамилией в официальном употреблении. Такая «фамилия-патроним» в форме множественного числа характерна для северных и центральных областей России, а также для Сибири, куда переселенцы приносили свои родовые прозвища.

Суффикс -ин указывает на то, что прозвище-основа было мужским и заканчивалось на -а. Если бы исходное прозвище звучало как «Яруток», фамилия была бы Ярутковы. Но в говорах форма «Ярутка» для обозначения человека — не редкость: так могли назвать и того, кто жил на яру, и того, кто был резок, «обрывист» в общении.

В ономастических справочниках фамилия Яруткины не относится к числу дворянских или старых боярских родов. Это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не ранее XVII века, когда у простых людей начали массово закрепляться родовые прозвища. Встречается она в основном в Вятской, Пермской и Нижегородской губерниях — регионах, где «яр» и «ярутка» в топонимике и говорах были особенно употребительны.

Редкость фамилии объясняется не столько уникальностью прозвища, сколько тем, что в большинстве регионов предпочли другую форму — Яровы, Ярушниковы или Яркины. Яруткины — один из тех случаев, когда диалектное слово сохранилось в фамилии точнее, чем в литературном языке.