Фамилия Ярутков — редкий случай, когда прозвище могло перейти в фамилию почти без изменений, сохранив свой первоначальный, не всегда лестный смысл. В её основе лежит слово «яруток» или «ярутка», которое в русских говорах имело два основных значения. Первое — это растение из семейства крестоцветных, сорная трава, известная в народе как «копеечник» или «талабан». Второе, переносное, значение — прозвище невысокого, щуплого или незначительного человека, «трава-мурава». Скорее всего, именно это прозвище и закрепилось за основателем рода.

Модель образования фамилии проста и распространена для восточнославянских земель. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Ярутков — сын Ярутка. Само прозвище Ярутко могло быть образовано от слова «ярутка» через усечение суффикса -к- (Ярутк-о, где -о — окончание старого звательного падежа) или напрямую от «ярый» — горячий, ретивый, но эта версия менее вероятна, так как тогда форма была бы Ярков или Яров. Филолог Борис Унбегаун в своей работе «Русские фамилии» относит подобные образования к группе «растительных» прозвищ, но отмечает их редкость.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и среднерусским областям, где слово «ярутка» было в ходу. Встречается она нечасто, что подтверждает её «однокоренное» происхождение от конкретного прозвища, а не от массового крестильного имени. Интересно, что в польском языке есть похожая фамилия Jarutko, но там корень может восходить к личному имени Jarota (от «jarzyć» — гореть, сверкать), что даёт параллельную, но не родственную линию.

Таким образом, предок современных Ярутковых, скорее всего, получил своё прозвище от окружающих за внешность или характер — возможно, был невысок ростом, или, наоборот, слишком «колючим» и цепким, как сорная трава. Фамилия сохранила эту бытовую, немного ироничную характеристику, став фамильным именем, за которым не стоит ни знатный род, ни географическая привязка — только меткое народное слово.