Фамилия Якутин, вероятно, образована от имени Якута — варианта распространённого у мусульман имени Якут, которое имеет древнегреческое происхождение и означает «яхонт» (то есть «рубин» или «сапфир»). В средневековой медицине яхонт считался камнем, имеющим целебные свойства, а потому существовало убеждение, что человеку, носящему это имя, не страшны болезни. Однако имя Якут могли дать и просто горячо любимому (то есть дорогому, как ценный камень) ребёнку. Менее вероятна связь фамилии Якутин с прозвищем Якут, которое мог получить якут - выходец из Сибири или с Крайнего Севера. В этом случае слово «якут» дословно переводится как «окраинный житель» (от тюркского jaka - «край, ворот, граница, берег»). Также возможно, что фамилия Якутин — это фонетический вариант фамилии Ягудин, которая образована от древнееврейско-арабского имени Ягуда, что значит «прославляющий Бога».