Фамилия Якутов — один из тех случаев, где корень прозрачен, а суффикс подсказывает социальный статус предка. В основе лежит каноническое имя Иаков (древнееврейское «держащийся за пяту»), которое в русской народной традиции превратилось в Якут. Это не этноним — к коренным народам Севера фамилия отношения не имеет: на момент её формирования слово «якут» как самоназвание саха в центральной России было известно слабо. Уменьшительная форма Якут (от Яков) встречается в документах XVI–XVII веков, и именно от неё пошла фамилия.

Суффикс -ов указывает на типичную модель «чей сын» или «чей человек». В крестьянской и мещанской среде так называли по отцу: Якутов — сын Якута. Суффикс -ов, а не -ин (как было бы, если бы основа кончалась на -а) говорит о том, что имя Якут воспринималось как мужское и склонялось по второму типу, как топор или стол. Это косвенно подтверждает, что прозвище или некалендарное имя Якут было полноценным, а не просто сокращением.

Географически фамилия сгущается в Поволжье и на Урале — в Пермской, Вятской, Казанской губерниях. Там имя Яков в народной огласовке звучало как Якут, и фамилия закрепилась в среде государственных и дворцовых крестьян. Дворянских родов Якутовых практически нет — это однозначно фамилия простонародная, возникшая в среде, где отчество заменяло фамилию и ещё не было закреплено законом.

Редкий нюанс: в некоторых говорах Якутом могли прозвать не только человека по имени Яков, но и того, кто «якал» — говорил на «я» вместо «е» (якающий говор). Эта версия слабее, потому что прозвище от диалектной черты обычно давали приезжим, а фамилию по такому признаку образовывали реже. Но полностью исключать её нельзя — в ономастике такие случаи фиксированы, хоть и единичны.

Сравните с однокоренными Яковлев, Якушев, Якунин. Якутов стоит особняком: суффикс -ут встречается в русских именах реже, чем -уш или -ун, и обычно придаёт слову оттенок грубоватой ласки (ср. Милут, Ванют). Это делает фамилию не просто отчеством, а слепком живой речи — того, как в семье называли отца или деда: не официально Яков, а по-домашнему Якут.