Фамилия Якутовский — типичный пример фамилии, образованной по польско-украинской модели с суффиксом -ский. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на отчество (чей сын), суффикс -ский в фамилиях шляхты и духовенства означал принадлежность к местности: «из такого-то места» или «владеющий таким-то поместьем». Основа Якут- здесь, скорее всего, не связана с северным народом, а восходит к личному имени Якут — одной из народных форм древнееврейского имени Иаков (Яков). В белорусских и украинских говорах Якут, Якута, Якуш — это уменьшительно-ласкательные варианты того же имени, распространённые в крестьянской среде. Таким образом, первый носитель фамилии мог быть либо выходцем из деревни, носившей название Якутово или Якутовка, либо потомком человека по прозвищу Якут.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям — современным Беларуси, Украине и восточным воеводствам Польши. В дореволюционных ревизских сказках и метрических книгах Якутовские встречаются преимущественно среди православной шляхты и однодворцев Волынской, Минской и Гродненской губерний. Унбегаун в своём словаре отмечает, что фамилии на -ский у восточных славян часто указывали на дворянское происхождение, но к XIX веку этот суффикс утратил сословную исключительность: его активно принимали и крестьяне, переселившиеся из одной деревни в другую.

Встречается и более редкая версия: Якутовский может быть искусственной семинарской фамилией, образованной от имени библейского патриарха Иакова. В духовных училищах XVIII—XIX веков будущим священникам нередко давали фамилии по латинизированным или церковнославянским формам имён. Однако в пользу этой гипотезы нет прямых доказательств — Якутовский слишком «бытовая» по звучанию для типичной семинарской фамилии (ср. Богоявленский, Преображенский). Правдоподобнее, что перед нами прозвище по отцу или по месту жительства, которое закрепилось в документах при переходе к всеобщему учёту населения.