Фамилия Якутовская — женская форма от мужской Якутовский, и сразу бросается в глаза её типично польский или украинско-белорусский суффикс -ский/-цкий. Такие фамилии в XVI–XVIII веках чаще всего получала шляхта или зажиточные крестьяне, переселявшиеся на новые земли. Основа здесь — топоним Якутово или Якутов: так назывались деревни и хутора на территории современных Польши, Беларуси и западной Украины. Человек, переехавший из такого места, становился «Якутовским» — то есть «тем, кто из Якутова».

Само название поселения восходит к имени Якут — одной из народных форм канонического имени Иаков (Яков). В польском языке имя Jakub дало множество уменьшительных вариантов, в том числе Jakut. Таким образом, первый носитель фамилии мог быть либо потомком некоего Якута, либо жителем деревни, названной по имени её основателя.

Интересная деталь: в отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на прямую принадлежность отцу («чей сын»), фамилии на -ский в восточнославянской среде почти всегда несли пространственное значение. Поэтому Якутовская — это не «дочь Якута», а скорее «женщина родом из местности, связанной с Якутом». Это же значение сохраняется и в современном употреблении: фамилия указывает на географические корни, а не на профессию или личное качество предка.

Встречается фамилия редко, преимущественно в западных областях России, а также среди потомков переселенцев из Беларуси. Встречаются варианты написания с одной «с» — Якутовская, что характерно для украинской орфографической традиции XIX века.