Фамилия Яхункин — редкий пример того, как за привычной русской фамильной формой может скрываться иноязычная основа. На первый взгляд она кажется типичной: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Яхункин, то есть сын или потомок Яхунки). Но с именем Яхунка всё сложнее.

В русском ономастиконе нет канонического имени Яхун. Скорее всего, это производная форма от крестильного имени Иоаким (в народном произношении — Яким, Аким). От него через уменьшительные суффиксы образовались Яхун, Яхунка. Такая цепочка не редкость: на Русском Севере и в Поволжье имя Иоаким давало множество вариантов — Якимов, Яхонтов, Яхнин. Яхункин стоит в том же ряду, но с более редким суффиксом -ун(к)-, который придавал имени фамильярный или ласкательный оттенок.

Версия с еврейским корнем (от имени Яхун, Яхунка как вариант Иехуды или Йоханана) менее вероятна. Фамилия встречается в русских переписных книгах XVII–XVIII веков, преимущественно в северных уездах, где еврейское население практически отсутствовало. Скорее всего, предок Яхункин был крестьянином или посадским человеком, которого в быту звали ласково Яхунка — от крестильного Аким.

География фамилии сегодня размыта: носители есть в центральной России, в Сибири, единичные записи — в Беларуси. Но плотность остаётся низкой. Это фамилия, которая не стала массовой, сохранившись в нескольких ветвях. Её разбор показывает, как за простым на вид окончанием может прятаться цепочка народных переделок церковного имени, ушедшая вглубь на три-четыре века.