Фамилия Яхункина — женская форма фамилии Яхункин, и её разбор стоит начать с необычного суффикса. В русских фамилиях редко встречается сочетание -ункин, и это сразу наводит на мысль, что перед нами не стандартная «отчество от имени», а прозвищная модель с богатой внутренней формой.

Основа — «Яхун» или «Яхунка». Скорее всего, это некалендарное личное имя или прозвище. В русских говорах слово «яхнуть» имело значение «ударить, стукнуть» или «вскрикнуть, ахнуть». Человек, получивший прозвище Яхунка, мог быть либо резким, вспыльчивым (от глагола «яхнуть» в смысле «ударить»), либо, наоборот, тем, кто постоянно охает и ахает (звукоподражательная версия). Вторая версия менее вероятна, но тоже имеет право на существование: в некоторых диалектах «ях» — междометие испуга или удивления.

Суффикс -к- в прозвище Яхунка указывает на уничижительную или уменьшительную форму, характерную для бытовой речи. Такие прозвища давали не по отцу, а по личным качествам или особенностям поведения. Далее к основе Яхунк- добавился патронимический суффикс -ин, образующий фамилию по отцу: «чей?» — Яхункин, то есть сын Яхунки.

Географически фамилия Яхункина редкая и, по всей видимости, локальная. Основные очаги бытования — центральные и северные регионы России, где сохранились архаичные прозвищные формы. Встречается она и в Поволжье, что может быть связано с переселениями крестьян в XIX веке. В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища не фиксируются, что косвенно указывает на более позднее оформление фамилии — скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Яхин, Яхнов, Яхонтов) показывает, что Яхункин стоит особняком: у него нет прозрачной связи с драгоценным камнем (яхонт) или с тюркскими корнями (Яхья). Это чисто русская, диалектная фамилия, образованная от живого глагольного корня. Её носительница могла происходить из крестьянской или мещанской среды, где прозвища давали метко и без оглядки на благозвучие.