Фамилия Ягункина — женская форма мужской фамилии Ягункин. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Ягунка. Чтобы понять его происхождение, нужно разобрать словообразовательную цепочку. Суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Ягунки), а само имя Ягунка — это уменьшительно-ласкательная форма от Ягун.

Корень «яг-» в русских говорах многозначен. Самая прямая версия — от глагола «ягать», что в ряде диалектов (особенно рязанских, тамбовских, воронежских) означало «кричать, громко звать, шуметь». В этом случае Ягунка — человек крикливый, голосистый, возможно, зазывала или тот, кто постоянно повышает голос. В словаре Владимира Даля слово «яга» также связано с шумом, бранью и суетой.

Вторая версия, менее вероятная, но упоминаемая в ономастике, — связь с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «ягун» означает «дождь» или «тот, кто приносит дождь». Однако для центральной России, где фамилия встречается чаще всего (Тамбовская, Пензенская, Нижегородская области), объяснение от славянского глагола выглядит естественнее: прозвища по характеру или поведению давали повсеместно.

Фамилия Ягункин — относительно редкая. Она не попала в массовые списки дворянских родов, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Скорее всего, предок носителя фамилии был простым человеком, получившим уличное прозвище за громкий голос или беспокойный нрав. Интересно, что в старых метрических книгах XIX века встречается вариант написания «Ягунькин» — с мягким знаком, что отражает местное произношение (Ягунька вместо Ягунка). Со временем написание закрепилось в современной форме.