Фамилия Ягунина образована от прозвища Ягуна. В старину так называли тех, кто вместо «его» произносил «яго», т.е. представителей «якающих» говоров. Такое явление было характерно для рязанцев и тамбовцев, а также для жителей некоторых соседних с ними территорий. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ягуна, со временем получил фамилию Ягунина.