Фамилия Ягнина — редкий случай, когда женская форма фамилии закрепилась в качестве основной и единственной. Перед нами не вариант «Ягнин», а именно Ягнина, что сразу указывает на модель образования: это притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, отвечающее на вопрос «чей?». В русской традиции такие фамилии обычно образовывались от мужских прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я: Ягна → Ягнин, а затем, при передаче по женской линии или при фиксации в документах на женщину, форма осталась без родового перехода. Встречается и вариант Ягнин, но он значительно реже.

Основа фамилии — слово «ягна». В диалектах русского языка, особенно северных и сибирских, «ягна» означала «овца», «ярка» (молодая овца, не ягнившаяся). Это слово восходит к общеславянскому *agnę (ягнёнок), родственному литовскому ėriukas и латинскому agnus. Прозвище Ягна могли дать человеку за кроткий нрав, мягкость, безобидность — или, напротив, в ироничном ключе, как контраст с буйным характером. В русских говорах слово «ягна» фиксируется в архангельских и вологодских говорах, что даёт географическую привязку: вероятнее всего, фамилия зародилась на Русском Севере или в Поволжье, куда переселялись северяне.

Есть и другая, менее вероятная версия: от тюркского имени Ягна (встречается у татар и башкир, означает «единственный», «родной»). Но для русской фамилии это редкий случай, и без подтверждённых родословных связей с тюркскими народами гипотеза остаётся слабой. Основная линия — овцеводческое прозвище, и предки носителей фамилии скорее всего были крестьянами или пастухами, жившими в северных или центральных губерниях России.

Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от слов с окончанием на -а, и указывает на принадлежность: «сын Ягны» или «из рода Ягны». Фамилия недворянская, не получила распространения в высших сословиях — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, сохранившаяся в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Встречаемость крайне низкая, что делает её ценной для генеалогического поиска: каждый носитель, скорее всего, связан с небольшим числом родовых гнёзд.