Фамилия Яхункины — яркий пример того, как в русском именослове закрепилась форма множественного числа, типичная для северных и центральных регионов. Суффикс -ин указывает на принадлежность конкретному лицу: Яхункины — это «чьи?» Яхункины, то есть потомки человека по прозвищу или имени Яхунка. Сама основа Яхун- восходит к разговорной форме крестильного имени Иоаким. В народной речи Иоаким превращался в Аким, а затем, с характерным для диалектов смягчением и добавлением суффикса -ун(я), — в Яхуню или Яхунку. Такой переход не редкость: рядом стоят фамилии Якушевы, Якименко, Акимовы — все они из одного гнезда.

Имя Иоаким (древнееврейское «Йехоаким» — «Яхве воздвигнет») в православных святцах носил отец Богородицы, поэтому имя было распространено на Руси. Однако в просторечии его переиначивали до неузнаваемости: Яким, Якуня, Яхун. Фамилия Яхункины, скорее всего, оформилась в среде, где было принято называть человека по отцу с уменьшительно-ласкательным суффиксом: не просто Яхун, а Яхунка — как бы «маленький Яхун» или «сынок Яхуна». Позже это прозвище закрепилось за всем родом.

Географически фамилия тяготеет к Вятскому региону и северо-востоку европейской России. В метрических книгах XIX века Яхункины встречаются в Глазовском и Слободском уездах Вятской губернии. Это была среда государственных крестьян и мастеровых — плотников, кожевников, охотников. Форма на -ыны (а не на -овы) дополнительно указывает на то, что фамилия сложилась в говорах, где притяжательные прилагательные во множественном числе звучали именно так: «Яхункины люди» — то есть люди из семьи Яхунки.

В написании фамилии иногда путают с Яхонкиными (от слова «яхонт» — драгоценный камень), но это разные корни. Яхункины — не про камень, а про имя. Встречается и вариант Яхункин — в единственном числе, но форма на -ыны сохранилась именно как родовое обозначение, что делает фамилию более архаичной и регионально окрашенной.